A área temática de Meio Ambiente atua em assuntos relacionados com a preservação e sustentabilidade do meio ambiente; meio ambiente e desenvolvimento sustentável; desenvolvimento regional sustentável; aspectos de meio ambiente e sustentabilidade do desenvolvimento urbano e rural; capacitação e qualificação de recursos humanos e de gestores de políticas públicas de meio ambiente; educação ambiental; gestão de recursos naturais, sistemas integrados para bacias regionais e cooperação interinstitucional na área.
A Unemat realiza a gestão dos assuntos realizados à área temática do Meio Ambiente por meio da Diretoria de Gestão de Direitos Humanos, Justiça e Meio Ambiente.